Λειτουργία Αντιπροσωπειών
Το συντονιστικό όργανο διορίζεται σε κάθε διοικητική περιφέρεια και απαρτίζεται από τρία μέλη που ανήκουν στην εκάστοτε Αντιπροσωπεία. Αυτά τα όργανα ασκούν εκτελεστικές εξουσίες και υπόκεινται στον έλεγχο του Διοικητικού Συμβουλίου και του Προέδρου. Οι Αντιπροσωπείες αποτελούνται από τον Συντονιστή και τους δύο αναπληρωτές του. Ο βασικός τους θεσμικός ρόλος είναι ο συντονισμός των μελών κάθε αντιπροσωπείας με στόχο την εύρυθμη λειτουργία των διοικητικών περιφερειών και την εκτέλεση του Διοικητικού Συμβουλίου. Επιπλέον, διορίζονται εποπτικές αρχές, οι οποίες επιβλέπουν τις δραστηριότητες των Αντιπροσωπειών και ενημερώνουν την ΒοfD σε περιπτώσεις διοικητικών παρατυπιών. Οι επόπτες επιλέγονται μεταξύ παλαιότερων μελών των διοικητικών περιφερειών.
Αντιπροσωπείες
Ο Ελληνικός Οργανισμός Πολιτικών Επιστημόνων, πέραν των Κεντρικών Γραφείων του στην Αθήνα, διατηρεί ενεργό Παράρτημα στη Θεσσαλονίκη. Επιπλέον, άλλες τέσσερις Αντιπροσωπείες εδρεύουν σε Κόρινθο, Κομοτηνή, Κρήτη και Ρόδο.
Μεγάλης σημασίας αποτελούν τα γραφεία του ΕΟΠΕ στην αλλοδαπή, το Γραφείο Νέας Υόρκης – ΗΠΑ και το Γραφείο Γενεύης.
Η Περιφερειακή Διοίκηση του ΕΟΠΕ (Παραρτήματα, Αντιπροσωπείες, Γραφεία Εξωτερικού) τελεί υπό την διοίκηση του Προέδρου του Συμβουλίου Διοίκησης.